Ifølge myten opstod Seinen som en flod der udsprang af tårerne fra en nymfe, der blev forfulgt af en satyr. Floden blev i sine tid betragtet som hellig af både romerne og gallerne.

Seinen har sit udspring 470 m.o.h. ved Saint-Germain-Source-Seine i Département Côte-d'Or. Udspringet til Seinen er nu en del af Paris kommune, da byen Paris har købt den skov, hvor i Seinen udspringer.

På vej til sit udløb i Den engelske kanal (Fransk: 'La Manche') løber Seinen bl.a. gennem regionerne Champange og Île-de-France med Paris, som er Frankrigs største by, men også gennem byerne Troyes og Rouen. Floden afvander et areal på nær 75.000 km², et område der rummer 30% af Frankrigs befolkning. Til sammen­ligning er Danmarks areal ca. 44.000 km².

Seinen har sit udløb på Frankrigs Atlanterhavskyst ved havnebyen Le Havre i Normandiet ved Den engelske Kanal.

Seinens kilder ligger i parken Sources de la Seine i Départemen Côte d'Or ca. 35 km nordøst for Dijon og ca. 255 km sydøst for Paris. Parken med kilden ligger ved hovedvej D103.

Fra landsbyen Saint-Germain-Source-Seine og ud omkring kilden er der en 11 kilometer lang vrandretur som tager ca. 3 - 3½ time.

Allerede efter 2,5 km fra Seinens udspring er der vand nok til en vandmølle, som desværre ikke findes mere. Den første store vandmølle findes efter ca. 12 km ved Les Granges d'Oigny, Oigny, ved hovedvej D114B og Étang du Chateau, hvor der også ligger et kloster, abbaye d'Oigny, som også har en vandmølle. Seinen har nu også fået vand fra åen Ruisseau de Fes, som har sit udspring ikke langt fra Seinens udspring.